En sus inicios la Asociación Bautista K’ekchi’ Cobán, tenía bajo su cobertura Fray Bartolomé de las Casas y El Petén, sin embargo, por cuestiones de descentralización, ambas áreas se independizaron para crear sus propias asociaciones: Asociación Bautista K’ekchi’ El Petén, y Asociación Bautista K’ekchi’ Fray Bartolomé de las Casas.